Show simple item record

Molecular and immune predictors of survival in lung squamous cell carcinoma: A TCGA-based analysis

Молекулярні та імунні предиктори виживаності при плоскоклітинній карциномі легень: аналіз даних TCGA

dc.creatorМоскаленко, Юлія
dc.creatorКовчун, Віктор
dc.date2025-10-08
dc.date.accessioned2026-07-07T10:20:46Z
dc.date.available2026-07-07T10:20:46Z
dc.identifierhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/bmbr/article/view/16305
dc.identifier10.63341/bmbr/3.2025.26
dc.identifier.urihttps://repository.tdmu.edu.ua//handle/123456789/30670
dc.descriptionLung squamous cell carcinoma remains one of the most aggressive forms of non-small cell lung cancer with limited options for personalised therapy, highlighting the need for new prognostic biomarkers. The purpose of this study was to analyse the impact of somatic mutations and their co-mutations in key oncogenes (TP53, TTN, PIK3CA, and KEAP1/NFE2L2) on the survival of patients with lung squamous cell carcinoma, considering the tumour immune subtype. Data from open-access oncology repositories (TCGA, UCSC Xena, cBioPortal) were used for 419 patients with complete clinical, immune, and mutational profiles. Patients were stratified by tumour immune activity (high/intermediate vs low subtype), and the mutational analysis included both individual genes and co-mutations. Survival was assessed using the Kaplan-Meier method with log-rank testing. It was found that TP53 mutations were significantly associated with improved survival in both the high/intermediate immune subtype group (median 57.9 vs 27.8 months, p = 0.0141) and the low immune subtype group (p = 0.0361). TTN mutations showed a positive trend in the high/intermediate group (p = 0.0582) and a statistically significant association with survival in the low immune activity group (p=0.0123). The strongest effect was observed for the TP53+TTN co-mutation, which significantly improved survival in both immune subtypes (high/ intermediate: p= 0.0065; low: p= 0.0006). In contrast, PIK3CA and KEAP1/NFE2L2 mutations and their combinations did not show a statistically significant impact on survival. Cluster analysis of the mutational profile revealed two primary patterns, with TP53 and TTN mutations tending to cluster, though no clear visual association with survival status was observed. Thus, the mutational status of TP53 and TTN, particularly their co-mutation, has substantial prognostic value in patients with lung squamous cell carcinoma, especially when considered alongside immune microenvironment characteristics. Isolated PIK3CA and KEAP1/NFE2L2 mutations showed no significant effect. These results emphasised the importance of integrating mutational and immune profiling to guide personalised treatment strategies Received: 30.04.2025 | Revised: 31.07.2025 | Accepted: 02.09.2025en-US
dc.descriptionПлоскоклітинна карцинома легень залишається однією з найбільш агресивних форм недрібноклітинного раку з обмеженими можливостями для персоналізованого лікування, що зумовлює потребу у нових прогностичних біомаркерах. Мета дослідження – проаналізувати вплив соматичних мутацій та їх ко-мутацій у ключових онкогенах (TP53, TTN, PIK3CA та KEAP1/NFE2L2) на виживаність хворих на плоскоклітинну карциному легень з урахуванням імунного підтипу пухлини. Було використано дані відкритих онкологічних репозиторіїв (TCGA, UCSC Xena, cBioPortal) для 419 пацієнтів з повним клінічним, імунним та мутаційним профілем. Пацієнтів стратифікували за рівнем імунної активності пухлини (високий/середній або низький підтип), а аналіз мутацій охоплював окремі гени та ко-мутації. Виживаність оцінювали за методом Каплана-Майєра з лог-ранговим тестом. Було встановлено, що мутація TP53 асоціюється з достовірно кращою виживаністю як у групі з високою/середньою імунною активністю (медіана 57,9 проти 27,8 міс., p=0,0141), так і в групі з низькою імунною активністю (p=0,0361). Мутація TTN продемонструвала позитивну тенденцію у групі з високою/середньою активністю (p = 0,0582) та достовірний зв’язок з виживаністю у групі з низькою активністю (p = 0,0123). Найсильніший ефект виявлено для ко-мутації TP53 + TTN, яка значуще покращувала виживаність у пацієнтів з обома імунними підтипами (високий/середній: p = 0,0065; низький: p = 0,0006). Водночас мутації PIK3CA, KEAP1/NFE2L2 та їх комбінації не продемонстрували статистично значущого впливу на виживаність. Кластерний аналіз мутаційного профілю виявив два основні патерни, де TP53 і TTN мутації мали тенденцію до кластеризації. Водночас не було виявлено чіткої візуальної асоціації між мутаційними підтипами та статусом виживаності. Таким чином, мутаційний статус генів TP53 і TTN, а також їх ко-мутація TP53+TTN мають суттєве прогностичне значення у пацієнтів з плоскоклітинною карциномою легень, особливо у поєднанні з характеристиками імунного мікрооточення. Натомість ізольовані мутації в PIK3CA та KEAP1/NFE2L2 не мали достовірного впливу на виживаність. Отримані результати підкреслили важливість інтеграції мутаційного та імунного профілю для формування персоналізованих стратегій лікування Отримано: 30.04.2025 | Переглянуто: 31.07.2025 | Прийнято: 02.09.2025uk-UA
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherTernopil National Medical Universityuk-UA
dc.relationhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/bmbr/article/view/16305/14928
dc.rightsАвторське право (c) 2026 Вісник медичних і біологічних дослідженьuk-UA
dc.rightshttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0uk-UA
dc.sourceBulletin of Medical and Biological Research; No. 3 (2025): Bulletin of Medical and Biological Research; 26-36en-US
dc.sourceВісник медичних і біологічних досліджень; № 3 (2025): Вісник медичних і біологічних досліджень; 26-36uk-UA
dc.source2706-6290
dc.source2706-6282
dc.subjectTP53uk-UA
dc.subjectTTNuk-UA
dc.subjectPIK3CAuk-UA
dc.subjectKEAP1/NFE2L2uk-UA
dc.subjectрак легеньuk-UA
dc.subjectко-мутаціїuk-UA
dc.subjectTP53en-US
dc.subjectTTNen-US
dc.subjectPIK3CAen-US
dc.subjectKEAP1/NFE2L2en-US
dc.subjectlung canceren-US
dc.subjectco-mutationsen-US
dc.titleMolecular and immune predictors of survival in lung squamous cell carcinoma: A TCGA-based analysisen-US
dc.titleМолекулярні та імунні предиктори виживаності при плоскоклітинній карциномі легень: аналіз даних TCGAuk-UA
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record