Show simple item record

Computer screening of peptidomimetics and small-molecule ligands of B-cell membrane proteins for therapy of Burkitt lymphoma

Комп'ютерний скринінг пептидоміметиків та маломолекулярних лігандів мембранних білків в-клітин для терапії лімфоми Беркітта

dc.creatorДемʼяненко, Ірина
dc.creatorБахмач, Анастасія
dc.date2023-12-22
dc.date.accessioned2026-07-07T10:20:35Z
dc.date.available2026-07-07T10:20:35Z
dc.identifierhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/bmbr/article/view/16200
dc.identifier10.61751/bmbr/4.2023.25
dc.identifier.urihttps://repository.tdmu.edu.ua//handle/123456789/30614
dc.descriptionThe capabilities of molecular modelling and docking allow for the discovery of new potential drug agentsto improve the treatment of diseases, which is a current concern. The objective of this study was to conduct in silicoscreening for antibody mimetics to B-cell membrane proteins for the treatment of Burkitt lymphoma through virtualscreening. In this work, a standard protocol for structure-based virtual screening was employed, with the distinction thatpharmacophores for screening were built not based on small-molecule ligands but on selected amino acid residues ofantibodies. Based on literature data and the presence of a mechanism of direct cytotoxic action, as well as the availability of3D structures of complexes, three monoclonal antibodies were selected: obinutuzumab, epratuzumab, and atezolizumab.The identification of biological targets was carried out by searching for 3D structures of selected complexes with targetproteins in the Protein Data Bank. For virtual screening, the web service Pharmit was chosen. Using the MolecularOperating Environment program, pharmacophore models were constructed for three complexes: CD20 and obinutuzumab,CD22 and epratuzumab, and PD-L1 and atezolizumab. Docking with the CD20, CD22, and PD-L1 proteins was conductedat the binding sites recognised by the original antibody. Through in silico virtual screening using the Molecular OperatingEnvironment software, a search for antibody mimetics to B-cell membrane proteins for Burkitt lymphoma treatmentwas conducted, resulting in the selection of 5 potential anti-lymphoma agents: CHEMBL505179 for the CD20 receptor,an antagonist of the melanocortin receptor for CD20 (PubChem-44406884), an inhibitor of blood clotting Factor Xa forCD22 (PubChem-136510605), and a blocker of epithelial Na+ channels for CD22 (PubChem-126761430), and an agonistof the melanocortin receptor for PD-L1 (PubChem-25078192). The obtained results can be applied in the pharmaceuticalindustry and oncological practice to enhance therapeutic outcomes in the treatment of patients with Burkitt lymphoma Received: 31.07.2023 | Revised: 11.10.2023 | Accepted: 28.11.2023en-US
dc.descriptionМожливості молекулярного моделювання та докінгу дозволяють знайти нові потенційні лікарські агенти, які дозволяють покращити лікування хвороб, що є актуальним питанням сьогодення. Метою даного дослідження був пошук in silico міметиків антитіл до мембранних білків В-клітин для лікування лімфоми Беркітта методом віртуального скринінгу. В даній роботі було використано стандартний протокол структурно-залежного віртуального скринінгу з тією відмінністю, що фармакофори для скринінгу будували не на основі маломолекулярних лігандів, а на основі обраних амінокислотних залишків антитіл. За літературними даними та на основі наявності механізму прямої цитотоксичної дії та наявності 3D структур комплексу було обрано три моноклональні антитіла: обінутузумаб, епратузумабута та атезолізумабу. Ідентифікація біологічної мішені проводилися шляхом пошуку 3D-структур обраних комплексів з білками-мішенями в базі даних Protein Data Bank. Для проведення віртуального скринінгу обрано веб-сервіс Pharmit. За допомогою програми Molecular Operating Environment було побудовано моделі фармакофорів для трьох комплексів: CD20 і обінутузумабу, CD22 і епратузумабу та PD-L1 і атезолізумабу. Докінг з білком CD20, CD22 і PD-L1 проведено за сайтами зв’язування, який впізнає оригінальне антитіло. Методом віртуального скринінгу in silico за допомогою програмного продукту Molecular Operating Environment здійснено пошук міметиків антитіл до мембранних білків В-клітин для лікування лімфоми Беркітта, в результаті чого відібрано 5 потенційних антилімфомних агента: CHEMBL505179 до рецептора CD20, до рецептора CD20 – антагоніст рецептору меланокортину (PubChem-44406884), до рецептора CD22 – інгібітор фактору згортання крові Ха (PubChem-136510605) та блокатор епітеліальних Na+ каналів (PubChem-126761430), до рецептора PD-L1 – агоніст рецептору меланокортину (PubChem-25078192). Отримані результати можуть бути застосовані у фармакологічній промисловості та онкологічній практиці з метою покращення терапевтичних результатів лікування хворих з лімфомою Беркітта Отримано: 31.07.2023 | Переглянуто: 11.10.2023 | Прийнято: 28.11.2023uk-UA
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherTernopil National Medical Universityuk-UA
dc.relationhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/bmbr/article/view/16200/14825
dc.rightsАвторське право (c) 2026 Вісник медичних і біологічних дослідженьuk-UA
dc.rightshttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0uk-UA
dc.sourceBulletin of Medical and Biological Research; No. 4 (2023): Bulletin of Medical and Biological Research; 25-33en-US
dc.sourceВісник медичних і біологічних досліджень; № 4 (2023): Вісник медичних і біологічних досліджень; 25-33uk-UA
dc.source2706-6290
dc.source2706-6282
dc.subjectмолекулярний докінгuk-UA
dc.subjectфармакофориuk-UA
dc.subjectантитілаuk-UA
dc.subjectміметикиuk-UA
dc.subjectімуногенністьuk-UA
dc.subjectmolecular dockingen-US
dc.subjectpharmacophoresen-US
dc.subjectantibodiesen-US
dc.subjectmimeticsen-US
dc.subjectimmunogenicityen-US
dc.titleComputer screening of peptidomimetics and small-molecule ligands of B-cell membrane proteins for therapy of Burkitt lymphomaen-US
dc.titleКомп'ютерний скринінг пептидоміметиків та маломолекулярних лігандів мембранних білків в-клітин для терапії лімфоми Беркіттаuk-UA
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record