Show simple item record

POLYMORPHISM OF NEURAMINIDASE AND NUCLEOPROTEIN ENCODING GENES OF INFLUENZA A H1N1 AND H7N9 STRAINS

ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНОВ НЕЙРАМИНИДАЗЫ И НУКЛЕОПРОТЕИНА ШТАММОВ ВИРУСА ПТИЧЬЕГО ГРИППА А H1N1 И H7N9;
ПОЛІМОРФІЗМ ГЕНІВ НЕЙРАМІНІДАЗИ ТА НУКЛЕОПРОТЕЇНУ ШТАМІВ ВІРУСУ ПТАШИНОГО ГРИПУ А H1N1 І H7N9

dc.creatorBuryachenko, S. V.
dc.creatorStegniy, B. T.
dc.date2019-11-07
dc.date.accessioned2020-07-03T09:43:31Z
dc.date.available2020-07-03T09:43:31Z
dc.identifierhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/MCC/article/view/10557
dc.identifier10.11603/mcch.2410-681X.2019.v.i3.10557
dc.identifier.urihttps://repository.tdmu.edu.ua/handle/123456789/16860
dc.descriptionIntroduction. Nowadays, the influenza virus is the main cause of diseases for people of all ages, annually leading to death and causing significant economic damage. The virulence and pathogenicity of this virus are largely due to the presence of neuraminidase and a nucleoprotein that provide its adhesion to the host cell and replication. Genetic monitoring is an important key element of epidemiological surveillance, which includes the early detection and identification of seasonal (circulating) influenza viruses, as well as influenza viruses of new subtypes that may cause a pandemic. The precise information including molecular genetic analysis of influenza viruses, level of collective immunity, study of susceptibility to antiviral drugs, antigenic characteristics of the virus appears to be strongly required. The aim of the study – to determine the molecular genetic polymorphism of the neuraminidase and nucleoprotein genes of the avian influenza A H1N1 and H7N9 strains and to determine its effect on the structure of coded protein domains by bioinformatics methods. Research Methods. The nucleotide sequences of the neuraminidase and nucleoprotein genes of the influenza A H1N1 and H7N9 strains were analyzed, as well as the domains of the studied gene product were analyzed by cluster analysis and the DELTA-BLAST program. Results and Discussion. As a result of the accomplished study, the polymorphisms and genetic distances between the alleles of the neuraminidase and nucleoprotein genes of the influenza A strains A1N1 and H7N9 alleles were calculated. The type and localization of mutations was shown. The domains of the gene products of the studied nucleotide sequences were determined. The role and effect of codons in the nucleotide sequences of the alleles of genes, which areencoding neuraminidase and nucleoprotein, on neuraminidase and nucleoprotein was shown. Conclusions. In the result of the accomplished studies there was determined the polymorphism of the neuraminidase and nucleoprotein genes. The absence of the effect of polymorphism of the nucleotide sequences of the neuraminidase and nucleoprotein genes of influenza A H1N1 and H7N9 strains on the domain composition of the studied proteins and, thus, on the properties of the studied strains was shown.en-US
dc.descriptionВступление. На сегодня вирус гриппа является основной причиной заболеваемости людей разного возраста. Грипп ежегодно приводит к смерти значительного количества населения и наносит сущест­венный экономический ущерб. Вирулентность и патогенность этого вируса в значительной степени обусловлены наличием у него нейраминидазы и нуклеопротеина, которые обеспечивают вирусную адгезию на клетке-хозяине и репликацию. Генетический мониторинг является важным ключевым элементом эпидемиологического наблюдения, которое включает в себя раннее выявление и идентификацию сезонных (циркулирующих) вирусов гриппа, а также вирусов гриппа новых подтипов, которые могут вызвать пандемию. Для предотвращения пандемий необходима информация о молекулярно-генетическом анализе образцов вируса гриппа, уровне коллективного иммунитета, чувствительности к противовирусным препаратам, антигенных характеристиках вируса. Цель исследования – определить молекулярно-генетический полиморфизм генов нейраминидазы и нуклеопротеина штаммов вируса птичьего гриппа А H1N1 и H7N9 и его влияние на структуру доменов кодированных протеинов биоинформационными методами. Методы исследования. Были проанализированы нуклеотидные последовательности генов нейраминидазы и нуклеопротеина штаммов вируса гриппа А Н1N1 и Н7N9, а также определены домены продуктов этих генов с помощью кластерного анализа и программы DELTA-BLAST. Результаты и обсуждение. По результатам исследования, определены полиморфизм и генети­ческие дистанции между аллелями генов нейраминидазы и нуклеопротеина штаммов вируса гриппа А Н1N1 и Н7N9. Показаны тип и локализация мутаций. Определены домены продуктов исследуемых нуклео­тидных последовательностей. Показаны роль и влияние мутаций в нуклеотидных последовательностях алеллей исследуемых генов на полиморфизм нейраминидазы и нуклеопротеина. Выводы. Определен полиморфизм генов нейраминидазы и нуклеопротеина. Показано отсутствие влияния полиморфизма нуклеотидных последовательностей генов нейраминидазы и нуклеопротеина штаммов вируса гриппа А Н1N1 и Н7N9 на доменовый состав этих протеинов и, таким образом, на свойства данных штаммов.ru-RU
dc.descriptionВступ. На сьогодні вірус грипу є основною причиною захворюваності людей будь-якого віку. Грип щорічно призводить до смерті значної кількості населення та завдає суттєвого економічного збитку. Вірулентність і патогенність цього вірусу значною мірою зумовлені наявністю в нього нейрамінідази та нуклеопротеїну, які забезпечують вірусну адгезію на клітині-хазяїні й реплікацію. Генетичний моніторинг є важливим ключовим елементом епідеміологічного спостереження, яке включає в себе раннє виявлення та ідентифікацію сезонних (циркулюючих) вірусів грипу, а також вірусів грипу нових підтипів, які можуть викликати пандемію. Для запобігання пандеміям необхідна інформація про молекулярно-генетичний аналіз зразків вірусів грипу, рівень колективного імунітету, чутливість до противірусних препаратів, антигенні характеристики вірусу. Мета дослідження – визначити молекулярно-генетичний поліморфізм генів нейрамінідази та нуклео­протеїну штамів вірусу пташиного грипу А H1N1 і H7N9 та його вплив на структуру доменів кодованих протеїнів біоінформатичними методами. Методи дослідження. Було проаналізовано нуклеотидні послідовності генів нейрамінідази та нуклео­протеїну штамів вірусу грипу А Н1N1 і Н7N9, а також визначено домени продуктів цих генів за допомогою кластерного аналізу та програми DELTA-BLAST. Результати й обговорення. За результатами дослідження, визначено поліморфізм і генетичні дистанції між алелями генів нейрамінідази та нуклеопротеїну штамів вірусу грипу А Н1N1 і Н7N9. Показано тип і локалізацію мутацій. Визначено домени продуктів досліджуваних нуклеотидних послідовностей. Показано роль і вплив мутацій у нуклеотидних послідовностях алелів досліджуваних генів на поліморфізм нейрамінідази та нуклеопротеїну. Висновки. Визначено поліморфізм генів нейрамінідази та нуклеопротеїну. Показано відсутність впливу поліморфізму нуклеотидних послідовностей генів нейрамінідази та нуклеопротеїну штамів вірусу грипу А Н1N1 і Н7N9 на доменовий склад цих протеїнів і, таким чином, на властивості даних штамів.uk-UA
dc.formatapplication/pdf
dc.languageukr
dc.publisherTernopil National Medical Universityen-US
dc.relationhttps://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/MCC/article/view/10557/10035
dc.sourceMedical and Clinical Chemistry; No. 3 (2019); 37-43en-US
dc.sourceМедицинская и клиническая химия; № 3 (2019); 37-43ru-RU
dc.sourceМедична та клінічна хімія; № 3 (2019); 37-43uk-UA
dc.source2414-9934
dc.source2410-681X
dc.source10.11603/mcch.2410-681X.2019.v.i3
dc.subjectinfluenza virusen-US
dc.subjectneuraminidaseen-US
dc.subjectnucleoproteinen-US
dc.subjectpolymorphismen-US
dc.subjectH1N1 strainen-US
dc.subjectH7N9 strainen-US
dc.subjectвирус гриппаru-RU
dc.subjectнейраминидазаru-RU
dc.subjectнуклеопротеинru-RU
dc.subjectполиморфизмru-RU
dc.subjectштамм H1N1ru-RU
dc.subjectштамм H7N9ru-RU
dc.subjectвірус грипуuk-UA
dc.subjectнейрамінідазаuk-UA
dc.subjectнуклеопротеїнuk-UA
dc.subjectполіморфізмuk-UA
dc.subjectштам H1N1uk-UA
dc.subjectштам H7N9uk-UA
dc.titlePOLYMORPHISM OF NEURAMINIDASE AND NUCLEOPROTEIN ENCODING GENES OF INFLUENZA A H1N1 AND H7N9 STRAINSen-US
dc.titleПОЛИМОРФИЗМ ГЕНОВ НЕЙРАМИНИДАЗЫ И НУКЛЕОПРОТЕИНА ШТАММОВ ВИРУСА ПТИЧЬЕГО ГРИППА А H1N1 И H7N9ru-RU
dc.titleПОЛІМОРФІЗМ ГЕНІВ НЕЙРАМІНІДАЗИ ТА НУКЛЕОПРОТЕЇНУ ШТАМІВ ВІРУСУ ПТАШИНОГО ГРИПУ А H1N1 І H7N9uk-UA
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record