CLUSTERING METHODS IMPLEMENTED INTO MICROARRAYTOOL PROGRAM FOR ANALYSIS OF DNA MICROARRAY DATA
МЕТОДЫ КЛАСТЕРИЗАЦИИ В ПРОГРАММЕ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛИЗА ДАННЫХ ДНК-МИКРОАРРЕЕВ;
МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ
| dc.creator | Ivachno, S. S. | |
| dc.creator | Kornelyuk, A. I. | |
| dc.creator | Mintser, O. P. | |
| dc.date | 2012-11-20 | |
| dc.date.accessioned | 2019-08-26T17:52:57Z | |
| dc.date.available | 2019-08-26T17:52:57Z | |
| dc.identifier | https://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/here/article/view/7277 | |
| dc.identifier | 10.11603/mie.1996-1960.2008.2.7277 | |
| dc.identifier.uri | https://repository.tdmu.edu.ua/handle/123456789/11264 | |
| dc.description | Microarray technologies (DNA chips) allow to perform a quantitative anlysis of expression of ten thousands genes. In this work a novel Microarraytool program was developed which allows to perform the cluster analysis and to compare the different experiments data by statistical analysis. Several clustering algorithms have been implemented into Microarraytool program: hierarchical clustering, k-means clustering, self-organizing maps (SOM) algorithm and self-organizing tree maps (SOTA) algorithm. The testing of these algorithms was performed using the Stanford Microarray Database for expression of 8613 individual genes in human fibroblasts after stimulation. The testing procedure revealed a correct performance of these algorithms implemented into Microarraytool program. | en-US |
| dc.description | Микроаррей-технологии или ДНК-чипы позволяют проводить количественный анализ экспрессии десятков тысяч генов. В данной работе описана новая программа Microarraytool для анализа ДНК микроаррей-данных, которая позволяет проводить трансформацию и нормализацию данных, выполнять кластерный анализ и сравнивать разные эксперименты с помощью статистического анализа. В программе имплементированы такие методы кластерного анализа: иерархический кластерний анализ, метод кластеризации k-средних, карты самоорганизующихся признаков (SOM) и SOTA- кластеризация. Проведено тестирование алгоритмов кластерного анализа для микроар-рей-данных Стэнфордской базы данных по экспрессии первичных фибробластов человека для 8613 индивидуальных генов на разных временных промежутках после стимуляции. Анализ данных показал корректное выполнение алгоритмов, имплементированных в программе Microarraytool. | ru-RU |
| dc.description | Мікроаррей-технології або ДНК-чипи дозволяють проводити кількісний аналіз експресії десятків тисяч генів. В даній роботі описана нова програма Microarraytool для аналізу ДНК мікроаррей-даних, яка дозволяє проводити трансформацію та нормалізацію даних, виконувати кластерний аналіз та порівнювати різні експерименти за допомогою статистичного аналізу. Імплементовано такі методи кластерного аналізу: ієрархічний кластерний аналіз; метод кластеризації k-середніх; карти ознак, що самоорганізуються (SOM) та SOTA-кпастеризація. Проведено тестування алгоритмів для кластерного аналізу для мікроаррей-даних Стенфордської бази даних з експресії первинних фібробластів людини для 8613 індивідуальних генів на різних часових проміжках після стимуляції. Аналіз даних показав коректне виконання алгоритмів, імплементованих в програмі Microarraytool. | uk-UA |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | ukr | |
| dc.publisher | I. Horbachevsky Ternopil National Medical University | en-US |
| dc.relation | https://ojs.tdmu.edu.ua/index.php/here/article/view/7277/6828 | |
| dc.rights | Авторське право (c) 2017 S. S. Ivachno, A. I. Kornelyuk, O. P. Mintser | uk-UA |
| dc.source | Medical Informatics and Engineering; No 2 (2008) | en-US |
| dc.source | Медицинская информатика и инженерия; № 2 (2008) | ru-RU |
| dc.source | Медична інформатика та інженерія; № 2 (2008) | uk-UA |
| dc.source | 1997-7468 | |
| dc.source | 1996-1960 | |
| dc.source | 10.11603/mie.1996-1960.2008.2 | |
| dc.title | CLUSTERING METHODS IMPLEMENTED INTO MICROARRAYTOOL PROGRAM FOR ANALYSIS OF DNA MICROARRAY DATA | en-US |
| dc.title | МЕТОДЫ КЛАСТЕРИЗАЦИИ В ПРОГРАММЕ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛИЗА ДАННЫХ ДНК-МИКРОАРРЕЕВ | ru-RU |
| dc.title | МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ | uk-UA |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/article | |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
Files in this item
| Files | Size | Format | View |
|---|---|---|---|
|
There are no files associated with this item. |
|||